大规模研究发现基因检测技术错误地检测出非常罕见的变异

根据BMJ发表的最新研究，商业基因检测公司广泛使用的技术在检测非常罕见的变异体时“极其不可靠”，这意味着结果表明个体携带罕见的致病基因变异体通常是错误的。

在听到妇女被误告知她们安排手术后，他们被误告知她们的BRCA1基因非常罕见的遗传变异会显着增加患乳腺癌的风险，埃克塞特大学的一个研究小组利用数据对这项技术进行了大规模分析来自将近50,000人。他们发现，在大多数情况下，该技术错误地确定了非常罕见的遗传变异的存在。

该团队分析了SNP芯片，该芯片可测试基因组中成千上万个特定位置的遗传变异。遗传学家虽然擅长检测会增加罹患2型糖尿病等疾病风险的常见遗传变异，但早就知道它们在检测罕见变异方面的可靠性较低。但是，这个问题在基因研究界之外鲜为人知，SNP芯片被直接向消费​​者提供基因检测的商业公司广泛使用。

该论文的资深作者，埃克塞特大学医学院基因组医学教授Caroline Wright说：“ SNP芯片非常适合检测常见的遗传变异，但是我们必须认识到，在一种情况下表现良好的测试并不一定我们已经确认，SNP芯片在检测非常罕见的致病遗传变异方面非常差劲，通常会产生可能对临床产生深远影响的假阳性结果，这些假结果已用于安排侵入性医疗程序，不必要和不必要的。”

该团队将来自SNP芯片的数据与来自更可靠的下一代测序工具的数据(来自UK Biobank的49,908名参与者)进行了比较，另外还有21个人通过“个人基因组计划”分享了他们的消费者基因测试结果。

研究得出的结论是，SNP芯片在检测常见遗传变异方面表现非常出色。但是，变化越少，结果变得越不可靠。在十分罕见的变体中，英国生物库中有84%是假阳性，在每10万个个体中，只有不到十分之一的个体，典型的是那些引起罕见遗传病的个体。在来自商业客户的数据中，分析的21个人中有20个人至少有一个假阳性罕见致病变体，其基因型不正确。

埃克塞特大学基因组医学讲师，该论文的合著者Leigh Jackson博士说：“由SNP芯片产生的稀有基因变异的假阳性的数目令人震惊，这是令人震惊的。使用SNP芯片检测到的致病变异很可能是错误的错误。尽管一些消费者基因组学公司会先进行测序以验证重要结果，然后再将其发布给消费者，但大多数消费者也下载了“原始” SNP芯片数据进行二次分析，我们的发现非常简单：SNP芯片在检测非常罕见的遗传变异方面表现不佳 除非经过验证，否则结果不得用于指导患者的医疗护理。”